معاونت شهید چمران
با ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در آخر تیر ۱۳۵۸ برخی اعضای شورای
انقلاب از سوی آن شورا به برخی از وزارتخانه‌های حساس راه یافتند و از آن
جمله آیت‌الله خامنه‌ای به معاونت امور انقلاب وزارت دفاع انتخاب گردید. در
این زمان دکتر مصطفی چمران وزیر دفاع بود[۱۳۸] .
همچنین در جریان ادغام شورای انقلاب و دولت موقت که با هدف تمرکز بیشتر در
قوه‌ی مجریه صورت گرفت ایشان به عضویت کمیسیون وزرای امنیتی که سرپرستی و
مسئولیت کلیه‌ی امور انتظامی، نظامی و امنیتی، از جمله بحرانهای گنبد،
کردستان و خوزستان و مقابله با اقدامات احزاب و گروههای ضدانقلاب را بر
عهده داشت، انتخاب گردید[۱۳۹] .
سرپرستی سپاه پاسداران
از دیگر مأموریت‌های وی از طرف شورای انقلاب، مسئولیت مرکز اسناد و نیز سرپرستی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در ۳ آذر ۱۳۵۸ بود[۱۴۰] .
وی قبل از این نیز به نمایندگی از سوی شورای انقلاب در برخی جلسات سپاه
پاسداران شرکت می‌کرد. علت انتخاب او به سرپرستی سپاه، باقی ماندن پاره‌ای
اختلافات در بدنه و سازمان سپاه بود که در ماههای پس از پیروزی انقلاب
اسلامی شکل گرفته بود و با تلاشهای میانجیگرانه به نتیجه نرسیده بود[۱۴۱] .
وی که از حامیان نیروهای نظامی مردمی، به‌ویژه سپاه بود، در مدت حضور در
رأس آن نیرو سعی کرد علاوه بر رفع اختلافات موجود، سازمان مناسبی بدان
بدهد. او در ۵ اسفند ۱۳۵۸ از مسئولیت سرپرستی سپاه به دلیل نامزدی در
انتخابات نخستین دورۀ مجلس شورای اسلامی استعفا داد[۱۴۲] .
تاسیس حزب جمهوری اسلامی
آیت‌الله خامنه‌ای در ایام منتهی به پیروزی انقلاب اسلامی و پس از آن،
هم‌زمان با حضور مؤثر در شورای انقلاب و تمشیت امور انقلاب در دوره‌ی گذار[۱۴۳] ،
به‌همراه سید محمد حسینی بهشتی، اکبر هاشمی رفسنجانی، سید عبدالکریم موسوی
اردبیلی و محمدجواد باهنر برای ایجاد تشکلی انقلابی فعالیت می‌کرد[۱۴۴] .
این تشکل با نام حزب جمهوری اسلامی در ۲۹ بهمن ۱۳۵۷ رسماٌ اعلام موجودیت
کرد اما پایه‌های تأسیس آن به جلساتی در مشهد در تابستان ۱۳۵۶ بر می‌گردد
که در آن برخی از مبارزان از جمله مؤسسین بعدی حزب جمهوری اسلامی در صدد
تشکیل مجمع و سازمان متشکلی برای فعالیت بر ضد حکومت پهلوی و توسعه
اندیشه‌ی اسلامی بودند[۱۴۵] .
بر این مبنا حزب در دوره فعالیت غیررسمی خود در ماههای منتهی به پیروزی
انقلاب نقش مؤثری در برگزاری اجتماعات و سخنرانیها بر عهده داشت که فعالیت
آیت‌الله خامنه‌ای در این زمینه قابل ملاحظه بود[۱۴۶] .
از دلایل تأسیس حزب جمهوری اسلامی می‌توان به پرکردن خلاء ناشی از فقدان
تشکیلات منظم و روزآمد برای صیانت و حمایت از نظام نوپای جمهوری اسلامی،
کمک به تداوم انقلاب و حفظ یکپارچگی و حضور مردم در صحنه، پی‌ریزی بنیانهای
اساسی نظام جمهوری اسلامی، صیانت از محوریت نقش‌آفرینی امام خمینی در
دوران پس از انقلاب، تعمیق اندیشه‌ی اصیل اسلامی در اذهان مردم، هدایت لحظه
به لحظه‌ی سیاسی مردم، کمک برای تأمین نیروی انسانی دستگاه‌های اجرایی
برای تحقق اهداف انقلاب اسلامی، موضع‌گیری صریح و صادقانه در برابر ترفندها
و فریبهای دشمنان داخلی و خارجی اشاره کرد[۱۴۷] . وی از تهیه‌کنندگان مرامنامه‌ی حزب بود. در تقسیم‌بندی وظایف اعضا نیز وظیفه‌ی تبلیغات حزب را برعهده گرفت[۱۴۸] .
ایشان عضو مؤسس و عضو شورای مرکزی حزب بود و در مجموع در دوره‌ی تأسیس حزب
بیشتر نقش تبیینی ایفا کرد و مواضع حزب را به صورت گفتارها و جزوه‌هایی
ارائه نمود. او در تأسیس شعبه‌ی حزب در مشهد نقش داشت و دفتر آن شعبه را در
۲۶ اسفند ۱۳۵۷ افتتاح کرد.
دبیر کلی حزب جمهوری اسلامی
پس از آیت‌الله بهشتی و دکتر باهنر ـ اولین و دومین دبیرکل حزب ـ آیت‌الله
خامنه‌ای در شهریور ۱۳۶۰ از سوی شورای مرکزی حزب به عنوان سومین دبیرکل
حزب انتخاب شد[۱۴۹] .
در سالهای پس از پیروزی انقلاب تا زمان تثبیت نظام جمهوری اسلامی در دهه‌ی
۱۳۶۰، حزب جمهوری اسلامی به مثابه رکن مهمی از حاکمیت خارج از ساختار
سیاسی رسمی فعالیت می‌کرد و مقوم پایه‌های نظام جمهوری اسلامی بود[۱۵۰] .
ایشان حزب جمهوری اسلامی را نهادی ضروری جهت حفاظت از کلیت نظام نوپای
جمهوری اسلامی می‌دانستند. نخستین کنگره‌ی حزب در اردیبهشت ۱۳۶۲ برگزار و
آیت‌الله خامنه‌ای برای دومین بار به دبیرکلی حزب و عضویت شورای مرکزی[۱۵۱] و شورای داوری حزب[۱۵۲]
انتخاب شد. وی در طول دوران ریاست جمهوری در جلسه‌های حزب جمهوری اسلامی
در تهران و شهرستانها شرکت می‌کرد و ضمن تبیین مأموریتها و اهداف حزب، به
پرسشهای دفاتر، شعب و اعضای حزب پاسخ می‌داد[۱۵۳] .
ایشان هم‌زمان با دوره‌ی دوم ریاست جمهوری نیز دبیرکلی حزب جمهوری اسلامی
را بر عهده داشت. در این دوره فعالیتهای حزب به دلایل مختلف، از جمله: رفع
بحرانهای سالهای اولیه‌ی انقلاب، تأسیس نهادها و سازمانهای مورد نیاز
جمهوری اسلامی که حزب در تأسیس، تقویت و رشد آنها نقش مؤثری داشت، اشتغال
شخصیتهای محوری حزب از جمله آیت‌الله خامنه‌ای و هاشمی رفسنجانی در مشاغل
مهم نظام در کنار فقدان برخی از بنیانگذاران مؤثر آن، نارضایتی امام خمینی
از تبدیل حزب از عامل وحدت‌بخش به عامل تفرقه و تشدید جناح‌بندیها در درون
حزب، کاهش یافت و دیگر کارایی سالهای اولیه‌ی خود را نداشت[۱۵۴] .
لذا آیت‌الله خامنه‌ای و هاشمی رفسنجانی در اوایل خرداد ۱۳۶۶ با نگارش
نامه‌ای به امام خمینی و ذکر دلایل یادشده، به ویژه پیدایش و تشدید
جناح‌بندی در درون حزب و خطر آن برای وحدت و انسجام جامعه، خواستار تعطیلی
فعالیتهای آن شدند[۱۵۵] . امام خمینی نیز در ۱۱ خرداد ۱۳۶۶ با این درخواست موافقت کرد و متعاقب آن فعالیتهای حزب تعطیل شد[۱۵۶] .
امامت جمعه‌ی تهران
امام خمینی در ۲۴ دی ۱۳۵۸ آیت‌الله خامنه‌ای را با اشاره به حسن سابقه و شایستگی در علم و عمل به امامت جمعه تهران منصوب کردند[۱۵۷] . ایشان نخستین نماز جمعه را در ۲۸ دی ۱۳۵۸ امامت کردند[۱۵۸] .
از این تاریخ تا واقعه‌ی ۶ تیر۱۳۶۰ که در مسجد ابوذر تهران به ایشان سوء
قصد و بر اثر آن به شدت مجروح گردیدند، به جز مقطع ۲۱ بهمن تا ۶ اسفند
۱۳۵۹ که در جریان سفری تبلیغی در هندوستان به سر میبرد، نماز جمعه‌ی تهران
را اقامه کردند[۱۵۹] . پس از آن نیز همواره این سمت را بر عهده داشت.
اقدام مهم و ابتکاری وی در مورد نماز جمعه، پیشنهاد برگزاری سمینارهای
ائمه‌ی جمعه به منظور انسجام شبکه‌ی امامان جمعه در داخل کشور و جهان اسلام
بود که پس از موافقت امام خمینی، نخستین سمینار در مدرسه‌ی فیضیه‌ی قم
برگزار شد و پس از آن سمینارهای متعددی نیز برگزار شد[۱۶۰] .
وی در خطبه‌های نماز جمعه به عنوان یک تریبون اثرگذار، مهمترین و
قاطع‌ترین مواضع اصولی و راهبردی نظام جمهوری اسلامی را ارائه کرده و
همچنین، به تعمیق اندیشه دینی و بینش و بصیرت سیاسی جامعه پرداخته است.
اهتمام به خطبه‌های عربی نیز که مخاطب آن مسلمانان جهان اسلام بود، از
ویژگی‌های خطبه‌های ایشان بوده است.
نمایندگی در مجلس شورای اسلامی
آیت‌الله خامنه‌ای پس از نامزدی برای انتخابات نخستین دوره قانون‌گذاری
مجلس شورای اسلامی در اسفند ۱۳۵۸، از سوی ائتلاف بزرگ نیروهای خط امام شامل
جامعه‌ی روحانیت مبارز تهران، حزب جمهوری اسلامی و چندین سازمان و گروه
اسلامی دیگر در انتخابات مجلس شورای اسلامی حمایت شد[۱۶۱] و از حوزه‌ی انتخابیه‌ی تهران وارد مجلس شد. در مجلس، عضو و رئیس کمیسیون امور دفاعی بود.
در مدت ریاست ایشان طرحها، لوایح و موضوعات متعددی در آن کمیسیون بررسی شد
که از مهمترین آنها می‌توان تأمین نیازمندیهای استخدامی سپاه پاسداران،
ادغام سازمان بسیج مستضعفین در سپاه پاسداران، مسئله‌ی کردستان، مسائل
مرزی، مسئله‌ی بلوچستان و سازمان‌دهی نوین ارتش را نام برد[۱۶۲] .
از موضع‌گیریهای مهم وی در طول نمایندگی می‌توان به صحبت‌های مهم و مستند
او در موافقت با طرح عدم کفایت سیاسی بنی‌صدر برای ریاست جمهوری اشاره کرد[۱۶۳] .
با آغاز جنگ ایران و عراق در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹ و به سبب حضور در جبهه‌های
جنگ، در جلسات مجلس شورای اسلامی کمتر حضور یافت و پس از جراحت شدید در ۶
تیر ۱۳۶۰ در موارد معدود در آن حاضر شد. با انتخاب به مقام ریاست جمهوری در
مهر ۱۳۶۰ قوه‌ی مقننه را ترک گفت.
حضور در دفاع مقدس
آیت‌الله خامنه‌ای از نخستین ساعات آغاز جنگ ایران و عراق، در تدبیر مسائل جنگ بصورت فعالانه به ایفای نقش پرداخت.
ساعاتی پس از شروع حمله به خاک کشورمان اولین اطلاعیه در مورد تجاوز ارتش بعث عراق به ایران را تهیه و از رادیو به اطلاع مردم رساند[۱۶۴] .
در دومین روز شروع جنگ در جلسه‌ای که در ستاد مشترک ارتش برای بررسی
چگونگی برخورد با تجاوز نظامی عراق تشکیل شد، حضور یافت. و آنگاه که قرار
شد یک نفر از آنها برای بررسی مسئله به جبهه‌های جنگ برود، نخستین کسی که
این پیشنهاد را پذیرفت آیت‌الله خامنه‌ای بود[۱۶۵] . در ۵ مهر ۱۳۵۹ پس از اجازه امام خمینی در کسوت یک نظامی، در جبهه‌های جنگ حضور یافت[۱۶۶]
تا گزارشی از وضعیت جبهه‌ها و امکانات نیروهای ایرانی منطقه‌ی مورد تجاوز
نیروهای عراقی تهیه نموده و به سازمان‌دهی نیروها برای مقابله با دشمن کمک
کند[۱۶۷] .
بر این اساس عازم جبهه جنوب شد و تا اواسط بهار سال ۱۳۶۰ در آن جبهه
استقرار داشت. پس از آن در جبهه غرب حاضر شد. ولی حضور جز برای اقامه نماز
جمعه تهران، دیدار و گزارش به امام یا جلسات ضروری و سفرها و سخنرانی‌های
لازم، مستمر بود[۱۶۸] .
وی در چندین عملیات نظامی و یا طراحی آن شرکت کرد. پشتیبانی و تأمین
نیازهای تسلیحاتی و تدارکاتی نیروهای بسیجی و سپاهی از دیگر فعالیتهای
ایشان در صحنه‌ی نبرد بود. بیشتر وقت وی در جبهه‌ها صرف هدایت، پشتیبانی و
طراحی عملیات ستاد جنگهای نامنظم ــ که توسط مصطفی چمران تشکیل شده بود ــ
می‌شد[۱۶۹] .
از اقدامات ویژه‌ی این ستاد که آیت‌الله خامنه‌ای مستقیماً در آن نقش
داشت، تشکیل گروههای نظامی مخصوص شکار تانک بود. در پشتیبانی از جبهه‌های
خرمشهر، آبادان و سوسنگرد نقش مؤثری داشت و در تقویت نیروهای نظامی مردمی
مثل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و بسیج و تهیه‌ی نیازمندیهای فنی و
تجهیزاتی آنها نقش بسیاری ایفا نمود[۱۷۰] . از دیگر تلاشهای ایشان ایجاد هماهنگی بین سپاه و ارتش در جبهه‌ها و عملیات نظامی بود[۱۷۱] .
نمایندگی امام در شورای عالی دفاع
به فرمان امام خمینی در ۲۰ مهر ۱۳۵۹ شورای عالی دفاع عهده‌دار کلیه‌ی امور جنگ شد[۱۷۲] و آیت‌الله خامنه‌ای که براساس حکم امام در ۲۰ اردیبهشت ۱۳۵۹ نماینده‌ی ایشان در این شورا[۱۷۳] و نیز سخنگوی آن بود[۱۷۴] . در این مدت مشاور امام خمینی در امور و مسائل جنگ نیز بود[۱۷۵] .
وی معمولاً در پایان جلسه‌های شورای عالی دفاع درباره‌ی مباحث و تصمیمات
شورا مصاحبه‌ی مطبوعاتی انجام می‌داد و تصمیمات شورا را به اطلاع مردم
می‌رسانید[۱۷۶] .
عملیات شکست حصر آبادان
در عملیات شکستن حصر آبادان[۱۷۷]
حضور مستقیم داشت و در مورد خرمشهر نیز اعتقاد داشت که با اتخاذ تدابیر
نظامی درست می‌توان از سقوط آن جلوگیری کرد. حتی در این زمینه نامه‌ای به
ابوالحسن بنی‌صدر، رئیس جمهور و فرمانده کل قوای وقت نوشت و هشدار داد که
در صورت استقرار دو تیپ زرهی در اطراف سوسنگرد، می‌توان از سقوط شهر
جلوگیری به عمل آورد. اما، بنی‌صدر به آن هشدار توجهی نکرد[۱۷۸] .
اندکی پس از آغاز جنگ گروهی از شخصیتها و سازمانهای بین‌المللی و نیز برخی
از کشورها برای ایجاد صلح بین دو کشور، به فعالیت‌هایی دست زدند. آیت‌الله
خامنه‌ای در این مورد اعتقاد داشت تا زمانی که عراق شروط اصلی ایران شامل
عقب‌نشینی به مرزهای بین‌المللی، پرداخت خسارت و تنبیه متجاوز را نپذیرد،
صلحی پدید نخواهد آمد و اگر عراق این شروط را نپذیرد آن را به زور از
سرزمینهای خود بیرون می‌کنیم. همچنین معتقد بود که صلح تحمیلی بدتر از جنگ
است[۱۷۹] .
با وجود این تردد هیئتهای صلح را از این نظر که باعث روشن شدن ابعاد
جنایات صدام حسین و نیروهای او علیه مردم ایران شد و به اثبات مظلومیت
ایران و تجاوزگری صدام کمک می‌کرد، مفید می‌دانست[۱۸۰] .
جنگ، مهمترین موضوع دوران ریاست جمهوری
در دو دوره‌ی ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای، جنگ در رأس امور و مهمترین
موضوع کشور بود. از ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۴ تحولاتی در صحنه‌ی جنگ پیش آمد و در
مجموع موازنه در جبهه‌های جنگ به سود ایران تغییر یافت. نیروهای عراقی از
بیشتر سرزمینهای اشغال‌شده بیرون رانده شدند و با وحدت‌نظر مسئولان ارشد
کشور ازجمله آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان رئیس شورای عالی دفاع سلسله
عملیات‌های نظامی، طراحی و اجرا شد. هم‌زمان با آن تحولات، حضور دیپلماتیک
ایران در عرصه‌ی بین‌المللی نیز بیشتر و فعال‌تر شد.
ایشان طی هفت سال از مجموع هشت سال دوران ریاست جمهوری خود که مقارن با
جنگ بود، بخش زیادی از مذاکرات خارجی خود را به مذاکره با هیئتهای حسن‌نیت
صلح که از سوی سازمانهای بین‌المللی، اسلامی و منطقه‌ای و یا با شخصیتهای
مهم بین‌المللی و منطقه‌ای که مأموریت میانجی‌گری داشتند، اختصاص دادند. در
دوره ریاست جمهوری به دلیل مخالفت امام با حضور در جبهه‌های جنگ، به برخی
حضورها و بازدیدهای محدود اکتفا کردند اما در مقطع پایانی جنگ و پس از قبول
قطعنامه وضعیت وخیم جبهه‌ها ایشان را ناگزیر کرد پس از کسب موافقت امام
خمینی برای ایجاد تحولی عظیم به جبهه‌ها رهسپار شود.
همچنین که آیت‌الله خامنه‌ای در دوره ریاست جمهوری رئیس شورای عالی
پشتیبانی جنگ بود. این شورا به دلیل شرایط خاص جنگ در سال ۱۳۶۵ و به منظور
به‌کارگیری هرچه بهتر امکانات کشور در خدمت جنگ و انجام اقدامات مؤثر در
بسیج نیروها و امکانات برای رفع نیازمندیهای جبهه‌های جنگ تشکیل شد[۱۸۱] . امام خمینی در پاسخ به استعلام ایشان در ۱۹ بهمن ۱۳۶۶ مصوبات آن شورا را تا پایان جنگ لازم‌الاجرا اعلام کرد[۱۸۲] .
در تابستان ۱۳۶۷ و در آخرین سال ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای، و با
پذیرش قطعنامه ۵۹۸ توسط ایران جنگ عراق با ایران به پایان رسید. پذیرش
قطعنامه ۵۹۸ در جلسه‌ای به ریاست آیت‌الله خامنه‌ای و با حضور مسؤولان
عالی‌رتبه نظام در ۲۶ تیر ۱۳۶۷ به تصویب رسید و امام خمینی نیز بر آن صحه
گذاشت[۱۸۳] .
امام خمینی در پیامی به مردم ایران قبول قطعنامه را مسئله‌ای بسیار تلخ و
ناگوار و صرفاً به دلیل مصلحت انقلاب و نظام جمهوری اسلامی ایران اعلام
کرد: «قبول این مسئله برای من از زهر کشنده‌تر است؛ ولی راضی به رضای خدایم
و برای رضایت او این جرعه را نوشیدم... در قبول این قطعنامه فقط مسئولین
کشور ایران به اتکای خود تصمیم گرفته‌اند. و کسی و کشوری در این امر مداخله
نداشته است» [۱۸۴] .
به دنبال این تصمیم آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان رئیس‌جمهور در نامه‌ای در
تاریخ ۲۷ تیر ۱۳۶۷ به دبیرکل وقت سازمان ملل متحد، خاویر پرز دکوئیار،
پذیرش قطعنامه‌ی ۵۹۸ سازمان ملل از سوی ایران را اعلام کرد[۱۸۵] .
۲.۲.۳. فعالیتهای ارشادی و تبیینی
بخش مهمی از فعالیتهای سیاسی و مذهبی آیت‌الله خامنه‌ای از پیروزی انقلاب
اسلامی تا انتخاب به ریاست جمهوری، فعالیتهای ارشادی به منظور نهادینه کردن
و تثبیت نظام جمهوری اسلامی بود.
تبلیغات 
